バーチャル3Dクリエイター神部まゆみです(*^-^*)
検索したらこの問題に触れている記事はいくつもあったけど、微妙に上手く行かなかったり分からない部分があったので、自分でやった備忘録を書いておく。
他の先輩たちの記事のほうが分かりやすいかもしれないけど、まぁ参考程度に(;^_^A

致命的な問題になるわけではない?かもしれないけど、モデルの子にオブジェクトを読み込んだときに回転がついて位置調整がめんどくさくなった。
別に気にしないならそのままでもいいかも?(;^_^A
動作確認した最新のバージョンはblender4.2、unity2022.3.22f1ですが、blender2.8の頃から同じだったので多分どのバージョンでも同じだと思います。
①オブジェクトモードで、トランスフォームのX軸を90度回転させる
unityとblenderの座標系の差でx軸が-90されてしまうので、これで相殺する感じ?

ここね。

②編集モードにして全選択。R X -90 で回転させる
オブジェクトモードだとオブジェクトごと回転や移動させる感じだけど、編集モードだから頂点レベルで動かす感じ。

③位置を調整する
位置がズレたのでちょっと修正する。
編集モードのまま位置を調整することに注意。

オブジェクトモードで移動させても、トランスフォーム移動だけ適用して、原点の位置を戻しておけば大丈夫かもしれない。
④トランスフォームの回転は適用せずに、「すべてFBX」でエクスポートする
いつもは最後にCtrl+Aでトランスフォーム全部適用してたけど、適用しちゃうとunityに持って行った時にまたX軸がおかしくなったので、そのまま持っていく。
つまりトランスフォームでX軸90度の回転がかかったままFBXエクスポートしてunityに持っていく。

エクスポート時の設定はこれ。

すべてFBXにしておかないと、unityのトランスフォーム拡大/縮小が全部100になってしまう。

まぁこれでもだいたい問題なく使えるんだけど、このオブジェクトの子に別のオブジェクトをインポートしたら100倍の巨大サイズになる不具合に遭遇したことがある。
一応直しておくに越したことはないですね。
⑤unityに持っていく
これでちゃんとできた。

ただ、リグがあった場合これだとダメかも?
既にリグを組んでウェイト付けてるモデルでも強引にいけた
アーマチュアとメッシュは別々に編集しないといけないみたいなのでダメかと思ったけど、位置を合わせたらいけた。
ペアレント切らなくてもいけた。

その後unityに持って行っても普通に動かせた。
ただ、別のウェイト付けモデルでは一回ペアレントを切らないと、アーマチュアに追従してしまい動作がおかしくなった。
自動ウェイトで行けるモデルなら簡単にペアレントし直せるけど、ウェイト塗りなおす場合はめんどくさいかもしれない。
unity向けのモデルを作る場合、最初からX軸を90度傾けておいたほうが良いか?
このほうがスムーズかな?
次何か作る時はやってみようかな。
間違ってることとか気付いたことがあればまた追記します(*^-^*)